Charcot-Marie-Tooth (CMT) 질환은 가장 빈도가 높게 유전되는 말초신경 (peripheral
nerves) 장애를 일으키는 유전 질환의 하나로, 유전학적으로나 임상적으로 heterogeneous한
질환임. CMT 질환은 전 인종을 대상으로 원인 돌연변이가 39개 이상 보고된
heterogeneous disorder로 임상적인 형태에 따라서 원인 돌연변이가 다르게 나타나고 있음.
CMT type에 따라서 CMT 관련 유전자의 돌연변이가 다양하게 관찰되고 있으며, 전통적인
유전적 테스트는 모든 유전자의 변이를 확인하기에는 비용이 비싼 편임. 따라서 본
연구에서는 20명의 CMT 환자를 대상으로 whole exome sequencing을 수행하였음. Exome
capture kit은 Roche NimbleGen SeqCap EZ Human Exome Library v2.0을 사용하였고,
시퀀싱은 Illumina HiSeq2000 100bp paired-end로 수행하였음. 그리고 변이를 확인할
목적으로 sanger capillary sequencing을 수행하였음. 20 샘플 모두에서 6G 이상의
throughput을 얻었으며, variant call을 위하여 reference genome은 UCSC hg19를
사용하였으며, Read Mapping은 위해서는 BWA를, SNVs나 Indels과 같은 Variant를
Detection하기 위해서는 SAMTOOLS 을 사용하였음. NimbleGen SeqCap EZ v.2의 on
target은 4.1G로 mappable은 72%에 달하였음. 1×이상의 coverage는 평균 97%, 5×이상의 coverage는
평균 95%, 그리고 10×이상의 coverage는 평균 92%였음. 20명에 대한 평균 read depth는 90×였고,
median read depth는 77×였음. calling된 SNV의 수는 1명당 평균 55,237이었고, 이들 중 coding
SNV는 평균 19,127이었고, nonsynonymous SNV에 해당하는 것은 평균 8,926였음. 그리고 small
InDel은 한 명당 평균 9,010이었고 이 중에서 coding region에 위치하는 것은 평균 519이었음.
샘플별로 찾아진 변이들이 dbSNP 131과 132에 보고된 변이인지의 유무, 그리고 그 변이를 포함하고
있는 유전자에 대한 annotation 정보들을 함께 정리해서 보고함. Whole exome sequencing은
임상적으로 유의미한 변이를 찾을 수 있고, 또한 CMT 환자의 care를 위해서 진단 정보를 제공해 줄
수 있을 것임