1. 정상 조직 시료 확보
- 인체자원은행 및 외부기관과의 공조를 통하여 정상조직 확보(800 case 이상)
- 시료 확보는 질병관리본부와 협조하여 진행함.
- 조직학적 검증을 통해 조직의 부위와 타입을 명확히 선별하여 결정함.
2. 각 조직의 전사체 발현량을 차세대염기서열법(NGS)을 이용하여 측정
- fresh frozen 조직에서 추출한 total mRNA량이 적은 경우 조직별로 pooling 함.
- total mRNA 수확량을 증가시키기위한 신규 mRNA 추출법 적용
- SOLiD 기반의 4 sample multiplexing을 이용한 paired-end sequencing 수행.
3. NGS를 통해 얻은 염기서열 맵핑 및 분석
- 각 조직별 유전자별 발현량 profiling
- SNP 발굴
- Alternative splicing transcript의 발굴
- fusion 유전자의 발굴
- novel transcript 발굴
4. 측정한 mRNA 발현 정보의 정리 및 데이터베이스 구축
- 사용된 조직에 대한 임상병리정보 데이터베이스 구축
- 조직별 mRNA 발현정보 데이터베이스 구축
- 마이크로어레이를 이용한 mRNA 발현량과 비교 분석