데이터베이스

GEPdb

  • 유전자형, 전사체, 표현형 자료를 통합한 데이터베이스
  • 서열변이의 기능적 해석 수행

MicroRNA와 연관된 질병에 대한 데이터베이스

  • 특정 microRNA와 관련 있는 질병 검색

KGVDB

  • 유전체 단일 서열 변이 및 구조적 변이 관련 데이터를 통합적으로 수집한 데이터베이스

http://biomi.cdc.go.kr/KGVDB/ (서버폐쇄)
http://biomi.cdc.go.kr/KGVDB/ (서버폐쇄)

<개요 및 활용>
한국인 유전체에서 복제수 변이지역을 찾고 이를 데이터베이스화
  • 한국인 유전체의 복제수 변이지역과 주변의 SNP을
    분석하여 복제수 변이와 관련된 SNP을 발견하고 이를 데이터베이스화
  • 한국인 유전체 복제수 변이 지역과 다른 인종의 유사 연구(1000Genomes, WTCCC, GMI)에서 발견된 변이 지역을
    그래픽 가시화를 이용하여 차이 비교
  • 한국인 유전체를 포함하여 지금 까지 연구된 복제수 변이와 관련된 SNP 에 대한 그래픽 검색 기능과 데이터베이스 가시화 기능 제공



질병 특이적 이동성유전인자 데이터베이스

  • 질병 관련 유전자 군의 질병 특이적 이동성유전인자를 발굴하고 질병 특이적 유전자- 이동성유전인자의 기능 및 기전에 대한 데이터베이스

이동성유전인자 분포 패턴을 이용한 질병 분류
이동성유전인자 분포 패턴을 이용한 질병 분류

<개요 및 활용>
  • 질병 관련 유전자의 질병 분류별 질병
    특이적 이동성유전인자의 발굴
  • 해당 질병 분류에서 질병 특이적 유전자 및 해당 유전자 특이적 이동성유전인자의 기능 및 기전 해석
  • 질병 관련 유전자 군의 질병 특이적 이동성유전인자를 발굴하고 질병 특이적 유전자-이동성유전인자의 기능 및 기전에 대한 데이터베이스



후성 유전체 정보를 이용한 질병 연관성 분석 데이터베이스

  • 질병 기전을 연구하기 위해 후성 유전체 통합정보를 이용하여 질병 연관성 분석 방법을 개발하고 그 결과를 정리한 데이터베이스

후성 유전체 정보를 이용한 질병 연관성 분석 모식
후성 유전체 정보를 이용한 질병 연관성 분석 모식

<개요 및 활용>
  • 후성 유전체 정보를 이용한 질병 연관성 분석을 위해 ENCODE 및 대형 프로젝트에서 제공하고 있는 공개 유전체 및 후성 유전체 어노테이션 정보를 수집 및 통합
  • 전사체 연구를 위한 전역유전체 단위의 열린 염색질 지도
    구축으로 생산된 데이터를 이용하여 chromatin QTL을 통한 유전/환경 요인 분석
  • Open Chromatin 부위의 다양한 요소가 실제로 유전자 발현에 영향을 미치는지 마이크로어레이 실험을 통해 확인하고 연관성 조사
  • 유전체 및 후성 유전체의 통합 정보를 이용한 질병 연관성 분석 및 데이터베이스 구축



EvoSNP-DB

  • 한국인 CNV 맵과 이와 관련된 tagging SNP 데이터베이스

http://biomi.cdc.go.kr/EvoSNP/ (서버폐쇄)
http://biomi.cdc.go.kr/EvoSNP/ (서버폐쇄)

<개요 및 활용>
  • 동아시아 인종의 유전적 다양성 데이터베이스
  • OMIM, GWAS Cataloge 와 UCSC에서 부터 유전변이 및
    질병 정보를 추출하여 분석 가공.
  • 동아시아 인종의 SNP 정보를 바탕으로 OMIM disease associations, Variation in linkage disequilibrium (VarLD) scores, Fixation index (Fst) 등의 분석 결과 제공